西暦20××年4月、尖閣諸島沖で対峙する中国海軍と海自DDHいせ。その目前に太平洋戦争末期、沖縄への特攻作戦・菊水作戦に従事した、戦艦大和を旗艦とする艦隊が姿を現わす…。中国軍の魚雷攻撃で大和は大爆発を起こすが、再度現われた大和艦隊の攻撃で中国艦隊は壊滅。ロシア軍を主体に編成された国連軍を相手に、大和艦隊はワープ移動で危機を脱する。ついに米海軍が動き始めるが、大和艦隊への攻撃により日本、朝鮮半島、台湾、中国は巨大津波の被害を受ける。そして、全世界に異次元空間の山本五十六からメッセージーが届き、世界中の軍用核施設に大和艦隊の航空機が迫っていく…。
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