「常葉学園に足を踏み入れてはいけない。この警告を無視すれば、必ずやおまえに、そして学園に災いが降り掛かるだろう」という携帯メールをうけながらも、新しい学園に転校しようという僕は、缶詰マニアの宇隅光秋、高校1年。登校中にあわや交通事故にあいそうに。無事に学園にはたどりついたが、担任の教師はいきなり顧問をしている「超科学研究所(部)」に入部しろと誘う。なぜか真っ先に校舎の屋上に案内された僕は早くも自殺しようというセーラー服の女の子に出くわす。そしてそれを奇妙な理屈で阻止したのがマドカだった。
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